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馬賽曾奪得9屆法國甲級聯賽冠軍及10次法國杯，於1993年歐聯決賽1–0擊敗AC米蘭，成為首支奪得歐洲冠軍的法國球隊。但因在歐聯決賽前夕賄賂瓦朗西安隊的主力球員，以確保派出次選球員應戰仍能獲勝，而主力球員可休息以應付歐聯決賽，結果1–0輕鬆取勝，但東窗事發，馬賽被判罸剝奪1992–93球季聯賽冠軍的資格，降級乙組及禁止參加歐洲比賽，而主席贝奈德·塔皮（英语：Bernard Tapie）（Bernard Tapie）因主謀罪成而被判处监禁一年。

1994–95賽季，法乙雖然奪冠，但因為財政問題仍然留在乙級。

1996年，獲得愛迪達老闆罗伯·路易-德莱福斯（英语：Robert Louis-Dreyfus）（Robert Louis-Dreyfus）支持，馬賽重回頂級聯賽行列。1999年，馬賽晉身欧洲联盟杯決賽，以0-3負於帕尔玛。2004年，馬賽再次晉身联盟杯決賽，途中分別將利物浦、國際米蘭及纽卡斯尔联淘汰出局，主將迪迪埃·德罗巴表現出色，但決賽仍以0–2負給出爐西甲冠軍巴伦西亚，再次與錦標擦身而過。而杜奧巴更以2450萬英鎊轉投切尔西。

在2005年夏天，馬賽勝出国际托托杯，決賽兩回合累計5–3擊敗西班牙球會拉科魯尼亞，再獲联盟杯的參賽權。然而，這卻影響了馬賽在法甲的表現，實力與成績落後於里昂、摩納哥及巴黎圣日耳曼等球隊，奪冠的機會越來越渺茫。直至之後的一個球季，馬賽在季初的表現突出，在積分榜上更直迫里昂，最終取得聯賽亞軍，成功於 2007–08 球季重返歐聯賽場。

2006年1月20日，馬賽前隊員埃德列（Jean-Jacques Eydelie）透露在慕尼黑歐聯決賽前，馬賽球員曾集體注射不明的藥物，只有德國前鋒鲁迪·沃勒尔拒絕注射。

馬賽在2009–10球季奪取法國聯賽杯冠軍，成為球會十七年來首個重要賽事的錦標。同一個球季，馬賽在第36周的賽事中以3–1擊敗雷恩，而於聯賽中排名第二的歐塞爾不敵里昂，在餘下一場的聯賽中拋離歐塞爾5分，事隔18年後再度奪得法甲聯賽冠軍[2]。

2020年12月至2021年1月30日，馬賽各项赛事9场比赛只赢1场，馬賽战绩引發球迷不滿。2021年1月30日，数百名马赛队球迷袭击球队训练基地。球队后卫阿尔瓦罗·冈萨雷斯·索韦龙被球迷投掷的杂物击中。原定于当天举行的马赛队与雷恩队的法甲比賽也被迫推迟[3]。